Головними напрямками діяльності Київського медичного наукового центру є наступні функції:

Освітня функція – забезпечення підвищення рівня професійних знань лікарів, оволодіння ними новими практичними навичками, сприяння реформуванню вищої медичної освіти України.

Комунікативна функція – сприяння встановленню контактів між лікарями України для подальшої співпраці, обміну між ними корисним досвідом, різноманітними напрацювання, інформацією, об’єднання їх в єдину спільноту задля ефективного вирішення інших завдань, сприяння започаткуванню професійних дискусій та обговорень.

Представницька функція – забезпечення ефективного представництва як усієї організації, так і окремих її членів у відносинах з органами держави та місцевого самоврядування, з іншими громадськими формуваннями.

Наукова функція – організація міжнародних, всеукраїнських, регіональних наукових конференцій, семінарів, круглих столів з метою обговорення найбільш актуальних проблем сучасної медичної науки та практики. 

Захисна функція – діяльність, спрямована на захист прав членів організації, яка реалізовується за допомоги здійснення профілактичної діяльності щодо попередження правопорушень та діяльності, спрямованої безпосередньо на відновлення порушених прав вказаних суб’єктів неправомірними діями.

Заохочувальна функція – виявлення найбільш успішних лікарів України шляхом проведення різноманітних конкурсів, встановлення відзнак, премій та презентація їхніх досягнень, що забезпечує мотивацію лікарів до вдосконалення своєї професійної діяльності до зразкових, високих стандартів професії.

Нормотворча функція – діяльність щодо розробки, обговорення, вдосконалення та лобіювання проектів нормативних актів, спрямованих на вдосконалення правового регулювання професійної діяльності лікарів, а також інших важливих правовідносин у сфері охорони здоров’я.

Міжнародна функція – діяльність, спрямована на встановлення зв’язків та започаткування співпраці з міжнародними та іноземними професійними медичними організаціями з метою забезпечення обміну досвідом.